À partir de 2026, plusieurs évolutions vont modifier l’encadrement des arrêts de travail. Ces mesures résultent notamment de plusieurs décrets publiés au Journal officiel en juin 2026, pris pour l’application de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.
Elles visent officiellement à mieux suivre les arrêts longs, à anticiper les conditions de reprise et à renforcer l’accompagnement des agents concernés.
Mais pour le SNT, cette réforme soulève de fortes inquiétudes. Derrière l’objectif affiché de suivi médical, elle risque de créer de nouvelles contraintes pour des agents déjà fragilisés par la maladie, l’accident ou l’épuisement professionnel.
Des durées de prescription davantage encadrées à compter du 1er septembre 2026
À partir du 1er septembre 2026, la durée maximale d’un arrêt de travail prescrit pour maladie sera encadrée par le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières, publié au Journal officiel du 13 juin 2026.
Ce décret fixe les plafonds suivants :
- 31 jours maximum pour une première prescription ;
- 62 jours maximum pour une prolongation.
Cela ne signifie pas que les arrêts longs disparaissent. Lorsque l’état de santé le justifie, un arrêt pourra continuer à être prolongé. En revanche, la situation devra être réexaminée plus régulièrement.
La position du SNT : une réforme inadaptée aux pathologies lourdes
Le SNT ne peut pas valider une réforme qui applique une logique administrative uniforme à des situations médicales profondément différentes.
Pour des pathologies lourdes ou des situations de santé particulièrement invalidantes, cancer, suites opératoires complexes, fractures graves, maladies chroniques évolutives, traitements longs ou rééducations importantes, il est inadapté d’imposer des renouvellements plus rapprochés alors même que l’incapacité de travail est prévisible, médicalement documentée et parfois longue par nature.
Demander à des agents gravement malades ou lourdement accidentés de multiplier les démarches pour obtenir le renouvellement d’un arrêt de travail revient à ajouter de la contrainte à la souffrance. Dans ces situations, l’enjeu ne devrait pas être de faire revenir plus souvent l’agent devant un professionnel de santé, mais de garantir la continuité de sa prise en charge, la stabilité de ses droits et le respect de sa dignité.
Le SNT alerte également sur un effet très concret : cette réforme risque de surcharger davantage les cabinets médicaux. Les rendez-vous consacrés à des renouvellements administratifs prévisibles viendront s’ajouter à une médecine de ville déjà sous tension. Dans de nombreux territoires, les agents peinent déjà à obtenir un rendez-vous rapide avec un médecin généraliste, voire à trouver un médecin traitant.
Pour le SNT, cette réforme ne répond donc pas aux réalités du terrain. Elle fait peser une charge supplémentaire sur les patients et sur les professionnels de santé, dans un contexte où l’accès aux soins reste difficile pour une partie importante de la population.
Un suivi possible après trois mois de renouvellement d’arrêt
Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 relatif à la durée de renouvellement d’un arrêt de travail à compter de laquelle le prescripteur peut saisir l’avis du service du contrôle médical prévoit qu’après trois mois de renouvellement d’un arrêt de travail, le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical.
Cette disposition entre également en vigueur le 1er septembre 2026.
Le SNT rappelle que le contrôle médical ne doit pas devenir un outil de suspicion généralisée à l’égard des agents malades. Un arrêt de travail n’est pas un confort : c’est une prescription médicale. Lorsqu’un agent est arrêté, il doit être accompagné, protégé et informé de ses droits.
Le suivi des arrêts longs peut être utile s’il permet d’anticiper une reprise progressive, un aménagement de poste, un reclassement ou une adaptation du temps de travail. Il devient problématique s’il est vécu comme une pression au retour, une remise en cause de la parole médicale ou une fragilisation supplémentaire de l’agent.
Accidents du travail et maladies professionnelles : une limite d’indemnisation à partir de 2027
Une autre évolution interviendra au 1er janvier 2027 pour les arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.
Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 fixant la durée maximale de service des indemnités journalières dues au titre des arrêts de travail résultant d’un accident de travail ou d’une maladie professionnelle instaure une durée maximale de versement des indemnités journalières.
Cette durée maximale est fixée à quatre ans pour une même période d’incapacité.
En cas de reprise du travail pendant au moins un an, une nouvelle période maximale de quatre ans pourra courir si une nouvelle interruption intervient dans les conditions prévues par les textes.
Pour le SNT, cette mesure doit être suivie avec la plus grande vigilance. Les accidents du travail et les maladies professionnelles engagent la responsabilité de l’employeur et du système de prévention. Les agents victimes d’un accident de service, d’une maladie professionnelle ou d’une exposition durable à des risques professionnels ne doivent pas être renvoyés à une logique de limitation comptable de leurs droits.
Mieux préparer le retour au travail
Les règles relatives à la visite de préreprise et à la visite de reprise évoluent également.
Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 relatif aux modalités des visites de préreprise et de reprise prévoit que l’employeur est informé de l’organisation d’une visite de préreprise, sauf opposition du travailleur.
La visite de préreprise permet d’anticiper le retour au travail après un arrêt. Elle peut être utile pour envisager un aménagement du poste, une adaptation du temps de travail, une réorientation ou un accompagnement spécifique.
Dans certains cas, la visite de préreprise pourra aussi éviter d’organiser une visite de reprise distincte. Cela sera possible si la visite de préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédant la reprise effective et si le médecin du travail a conclu qu’aucune mesure d’aménagement, d’adaptation, de transformation du poste ou d’aménagement du temps de travail n’était nécessaire.
Le SNT sera particulièrement attentif au respect du choix de l’agent concernant l’information de l’employeur. La santé relève de la vie privée. Toute démarche de préreprise doit rester un outil d’accompagnement, et non un moyen de pression ou d’organisation anticipée d’un retour non souhaité ou non adapté.
Ce que le SNT demande
Le SNT demande que cette réforme soit accompagnée de garanties réelles pour les agents :
- une prise en compte spécifique des pathologies lourdes, des accidents graves et des traitements longs ;
- l’absence de pression au retour pour les agents dont l’état de santé ne permet pas une reprise ;
- le respect strict du secret médical et de la vie privée ;
- un accompagnement renforcé par la médecine du travail et les services RH ;
- des procédures simples, lisibles et non culpabilisantes ;
- une vigilance particulière pour les agents vivant dans des territoires où l’accès à un médecin est difficile ;
- la garantie que les arrêts liés au service, aux accidents du travail ou aux maladies professionnelles ne soient pas traités comme une simple variable financière.
Ce que les agents doivent retenir
Ces nouvelles règles introduisent un suivi plus régulier des arrêts, en particulier lorsqu’ils se prolongent. Mais elles peuvent aussi créer des difficultés concrètes pour les agents souffrant de pathologies lourdes ou vivant dans des territoires où l’accès aux soins est déjà compliqué.
Pour les agents, plusieurs réflexes restent essentiels :
- transmettre l’arrêt de travail ou la prolongation dans les délais ;
- conserver les documents médicaux utiles ;
- signaler toute difficulté liée à la reprise ;
- demander une visite de préreprise lorsque le retour au poste nécessite d’être anticipé ;
- se rapprocher des ressources humaines ou de son représentant syndical en cas de doute sur ses droits.
Dans la fonction publique territoriale, une attention particulière devra être portée au statut de l’agent : fonctionnaire, contractuel, agent affilié au régime général, situation d’accident de service, maladie professionnelle ou congé pour invalidité temporaire imputable au service. Les conséquences peuvent varier selon le régime applicable.
Pour le SNT, l’encadrement des arrêts de travail ne doit jamais se faire au détriment de la santé des agents. La priorité doit rester la prévention, l’accompagnement, l’adaptation des postes et la protection des personnels confrontés à la maladie ou à l’accident.
Sources :
le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 fixe les plafonds de 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation, avec application aux prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026. Le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 fixe à trois mois la durée de renouvellement à partir de laquelle le prescripteur peut solliciter l’avis du service du contrôle médical. Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 fixe à quatre ans la durée maximale de versement des indemnités journalières AT/MP pour les sinistres intervenus à compter du 1er janvier 2027. Le décret n° 2026-503 du 12 juin 2026 encadre l’information de l’employeur sur la visite de préreprise et les cas où la visite de reprise n’est pas requise.
Pour le contexte sur l’accès aux soins, le Gouvernement indiquait en avril 2025 que six millions de Français n’avaient pas de médecin traitant et que 87 % du territoire était classé en désert médical. L’Assurance maladie a également lancé en septembre 2025 un Observatoire de l’accès aux soins pour suivre notamment les patients en ALD sans médecin traitant, les installations de généralistes en zones sous-dotées et la démographie médicale territoriale