De nouvelles règles vont encadrer les congés pour raisons de santé dans la fonction publique. Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 modifie notamment les conditions d’établissement des arrêts de travail, leur durée, les possibilités de contrôle par l’employeur public et le fonctionnement du temps partiel thérapeutique.
Fonctionnaires comme agents contractuels territoriaux sont concernés. Certaines mesures sont déjà applicables depuis le 1er août 2026, tandis que l’essentiel des nouvelles dispositions relatives aux arrêts maladie entrera en vigueur le 1er septembre 2026.
Le SNT fait le point sur ce qu’il faut retenir.
Arrêt maladie : de nouvelles règles à partir du 1er septembre 2026
À compter du 1er septembre 2026, les nouvelles règles s’appliqueront aux congés pour raisons de santé qui débutent ou sont prolongés à partir de cette date.
Un arrêt de travail davantage encadré
Le décret transpose aux agents publics plusieurs règles déjà prévues par le Code de la sécurité sociale concernant l’établissement des arrêts de travail.
Lorsque l’arrêt n’est pas transmis de manière dématérialisée, il doit être établi sur le formulaire sécurisé permettant son authentification et l’original signé remis par le professionnel de santé doit être utilisé.
Autrement dit, les règles relatives à la forme de l’arrêt deviennent plus strictes
31 jours pour un arrêt initial, 62 jours pour une prolongation
À partir du 1er septembre 2026, la durée prescrite est en principe plafonnée à :
- 31 jours maximum pour une première prescription d’arrêt de travail ;
- 62 jours maximum pour une prolongation.
Cela ne signifie pas qu’un agent ne pourra plus être malade ou placé en congé au-delà de 31 ou 62 jours.
C’est la durée de chaque prescription qui est encadrée, pas la durée totale pendant laquelle l’état de santé peut justifier un arrêt.
Le Code de la sécurité sociale prévoit en outre qu’un médecin peut dépasser ces plafonds s’il justifie sur la prescription la nécessité d’une durée plus longue compte tenu de la situation du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.
Attention également aux règles de prolongation
Une prolongation d’arrêt ne peut pas être établie librement par n’importe quel praticien.
Le Code de la sécurité sociale prévoit que la prolongation doit, sauf exceptions, être prescrite par le professionnel ayant prescrit l’arrêt initial ou le médecin traitant ; la loi prévoit également les situations concernant les sages-femmes et chirurgiens-dentistes. Une impossibilité peut être admise lorsqu’elle est dûment justifiée.
Pour les agents territoriaux, le nouveau décret rattache le maintien de la rémunération au respect de ces règles de prolongation.
Le bon réflexe : lorsqu’un arrêt doit être prolongé, ne pas attendre le dernier moment et vérifier que le professionnel consulté peut légalement établir cette prolongation.
Contrôle au domicile : ce que l’employeur pourra vérifier
Le décret donne également à l’autorité territoriale la possibilité de procéder à un contrôle administratif de l’arrêt de travail d’un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée.
Ce contrôle peut être réalisé par une personne dûment habilitée et porte sur la présence de l’agent à son domicile — ou à son lieu de repos lorsqu’il est différent. Ces règles sont également rendues applicables aux agents contractuels territoriaux concernés.
Quelles sont les heures de présence ?
Lorsque le médecin autorise les sorties mais sans prévoir de « sorties libres », l’agent doit être présent à son domicile :
de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h,
sauf lorsqu’il doit s’absenter pour recevoir des soins ou effectuer des examens médicaux.
Lorsque les sorties ne sont pas autorisées, l’agent doit naturellement respecter cette indication. Le médecin peut également autoriser des sorties libres lorsqu’elles sont médicalement justifiées.
Que se passe-t-il si l’agent est absent lors du contrôle ?
Le texte prévoit une conséquence financière particulièrement forte.
En cas d’absence injustifiée lors du contrôle administratif ou de refus de se soumettre au contrôle, le versement de la rémunération peut être interrompu jusqu’à la date de fin de l’arrêt.
Et la période pendant laquelle la rémunération est interrompue continue à être comptabilisée dans la période de congé en cours.
Il faudra donc être particulièrement vigilant sur :
- l’adresse déclarée comme lieu de repos ;
- les horaires de présence mentionnés sur l’arrêt ;
- la conservation des justificatifs lorsqu’une absence du domicile est liée à des soins ou à un examen médical.
Temps partiel thérapeutique : de nouvelles garanties depuis le 1er août
Les règles concernant le temps partiel pour raison thérapeutique ont également évolué.
Ces nouvelles dispositions s’appliquent aux autorisations accordées ou prolongées depuis le 1er août 2026.
Un délai de réponse fixé à l’administration
Lorsque la demande de temps partiel thérapeutique intervient après un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un CITIS ou une disponibilité pour raison de santé, la décision de l’autorité territoriale doit intervenir au plus tard le jour de la reprise.
Il en va de même lors du renouvellement de l’autorisation.
Dans les autres situations, l’autorité territoriale doit prendre sa décision dans les 30 jours suivant la réception de la demande.
Jusqu’à un an de temps partiel thérapeutique
L’autorisation de travailler à temps partiel pour raison thérapeutique est accordée dans la limite d’une année.
L’administration peut demander, dès la réception de la demande, qu’un médecin agréé examine l’agent. Une absence injustifiée à cet examen vaut désistement de la demande.
L’administration refuse votre temps partiel thérapeutique ? Elle doit expliquer pourquoi
Autre garantie : le refus d’une demande initiale, le refus d’un renouvellement ou l’interruption du temps partiel thérapeutique doivent être motivés.
Lorsque l’administration invoque les nécessités de continuité ou de fonctionnement du service, elle doit préalablement organiser un entretien avec l’agent.
Lors de cet entretien, l’agent peut se faire assister par une personne de son choix.
Si le refus repose sur un motif médical, la décision ne peut être prise sans l’avis préalable d’un médecin agréé.
Pour le SNT, cette distinction doit être connue : un refus ne peut donc pas se limiter à une réponse vague ou non motivée.
Le contrôle médical systématique après trois mois de temps partiel thérapeutique disparaît
Le nouveau dispositif supprime l’ancien contrôle systématique par un médecin agréé pour prolonger un temps partiel thérapeutique au-delà d’une durée totale de trois mois.
L’administration conserve cependant la possibilité de demander un examen médical, y compris dès la première demande.
Cette évolution simplifie donc la procédure, sans faire disparaître toute possibilité de contrôle médical.
Se former ou préparer une reconversion pendant un congé maladie
Une autre disposition mérite d’être connue.
Avec l’avis favorable d’un médecin agréé, un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut demander à réaliser ou poursuivre une formation ou un bilan de compétences, dans le but de préparer sa réadaptation ou une reconversion professionnelle.
L’autorité territoriale dispose alors de 30 jours pour répondre à cette demande.
Certains examens médicaux peuvent désormais être réalisés à distance
Depuis le 1er août 2026, l’examen médical d’un fonctionnaire placé en congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée peut également être effectué à distance, dans les conditions prévues par les règles relatives à la télémédecine.
Et à partir du 1er janvier 2028 ?
Une dernière évolution interviendra plus tard.
Pour les interruptions de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, un dispositif permettra au médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, de solliciter le médecin du travail afin de préparer les conditions de la reprise ou d’envisager notamment des actions de formation.
Pour les fonctionnaires territoriaux, cette disposition ne sera applicable qu’aux congés débutant ou prolongés à compter du 1er janvier 2028. L’agent pourra être assisté, durant cette phase, par une personne de son choix.
Les trois dates à retenir
1er août 2026
Nouvelles règles concernant notamment le temps partiel thérapeutique et possibilité de certains examens médicaux à distance.
1er septembre 2026
Entrée en vigueur de l’essentiel des nouvelles règles concernant les arrêts de travail, leur durée, leur établissement et les contrôles administratifs, pour les congés débutant ou prolongés à compter de cette date.
1er janvier 2028
Mise en œuvre dans la FPT du dispositif de préparation de la reprise pour les interruptions de travail dépassant 30 jours.
Ce que le SNT conseille aux agents
Face à ces nouvelles règles, quelques réflexes simples peuvent éviter bien des difficultés :
- vérifiez les mentions portées sur votre arrêt de travail, notamment les sorties autorisées ;
- si votre lieu de repos est différent de votre domicile habituel, assurez-vous que l’administration dispose des informations nécessaires ;
- conservez les justificatifs de soins ou d’examens pouvant expliquer une absence pendant les plages de présence obligatoire ;
- anticipez vos demandes de prolongation ;
- en cas de demande de temps partiel thérapeutique, conservez une preuve de la date de dépôt ;
- exigez une décision motivée en cas de refus ;
- n’hésitez pas à solliciter vos représentants SNT lorsque vous avez un doute sur vos droits ou sur une décision de votre employeur.
Maladie, accident ou reprise progressive du travail ne doivent pas devenir un parcours administratif incompréhensible. Connaître ses obligations, c’est aussi connaître ses droits.
Sources officielles
- Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, JORF n° 0177 du 31 juillet 2026, texte n° 70, NOR CPPF2613307D. Légifrance indique pour le texte consolidé une dernière mise à jour des données au 1er août 2026.
- Rectificatif au décret n° 2026-705, publié au JORF n° 0184 du 8 août 2026, texte n° 25, NOR CPPF2613307Z. Il corrige une référence d’article sans modifier le fond du dispositif.
- Code de la sécurité sociale, article R. 162-1-7-1, version applicable à compter du 1er septembre 2026 : plafonds de 31 et 62 jours.
- Code de la sécurité sociale, article L. 162-4-1, version applicable à compter du 1er septembre 2026 : possibilité pour le prescripteur de déroger au plafond lorsqu’une durée plus longue est médicalement justifiée.
- Code de la sécurité sociale, article R. 323-11-1, version en vigueur depuis le 14 avril 2021 : règles relatives aux sorties et plages de présence de 9 h à 11 h et de 14 h à 16 h.
- Code de la sécurité sociale, article R. 321-2, version en vigueur depuis le 30 juin 2025 : conditions applicables au formulaire papier d’arrêt de travail sécurisé.