Les règles concernant les arrêts maladie évoluent dans la fonction publique. Un décret publié au Journal officiel du 31 juillet 2026 modifie plusieurs procédures : transmission de l’arrêt, durée des prescriptions, contrôles, temps partiel thérapeutique et préparation de la reprise.
Derrière ce texte assez technique, il y a des changements très concrets pour les agents territoriaux. C’est précisément le rôle que s’est donné le SNT Vosges : suivre l’actualité réglementaire et statutaire, l’analyser et vous l’expliquer simplement, sans attendre que les difficultés apparaissent.
Des arrêts de travail mieux sécurisés
À partir du 1er septembre 2026, les arrêts de travail devront être transmis de manière dématérialisée ou établis sur un formulaire papier sécurisé.
L’objectif affiché est de limiter les faux arrêts et de permettre à l’administration de vérifier plus facilement l’authenticité des documents.
La durée d’un arrêt initial sera, en principe, limitée à 31 jours. Une prolongation pourra être prescrite pour une durée maximale de 62 jours.
Cela ne signifie pas qu’un agent ne pourra plus être arrêté au-delà de ces durées. Si son état de santé le justifie, le médecin pourra prescrire une période plus longue en motivant cette décision.
Les contrôles pourront être renforcés
L’administration pourra vérifier qu’un agent respecte bien les conditions de son arrêt de travail.
Lorsque le médecin n’a pas autorisé les sorties libres, l’agent devra être présent à son domicile ou sur son lieu de repos :
- entre 9 heures et 11 heures ;
- entre 14 heures et 16 heures.
Les absences liées à des soins ou à des examens médicaux resteront naturellement possibles.
En cas d’absence injustifiée lors d’un contrôle ou de refus de se soumettre à un examen médical demandé par l’administration, le versement de la rémunération pourra être interrompu.
Pendant un arrêt, il faudra donc être particulièrement attentif aux horaires de présence indiqués sur le certificat et conserver les justificatifs des déplacements liés aux soins.
Temps partiel thérapeutique : une procédure plus claire
Les nouvelles règles du temps partiel thérapeutique s’appliquent depuis le 1er août 2026.
Dans la plupart des situations, l’administration devra répondre à la demande de l’agent dans un délai maximal de 30 jours.
Lorsqu’il s’agit d’une reprise après un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un congé pour invalidité temporaire imputable au service ou une disponibilité pour raison de santé, la décision devra être prise au plus tard au moment de la reprise.
Un agent pourra bénéficier de plusieurs périodes de temps partiel thérapeutique, dans la limite totale d’un an, lorsque son état de santé le justifie.
Le contrôle systématique par un médecin agréé après trois mois de temps partiel thérapeutique disparaît. L’administration conservera néanmoins la possibilité de demander un examen médical à tout moment, y compris lors de la première demande.
Un refus devra être expliqué
Une collectivité ne pourra pas simplement répondre « non » à une demande de temps partiel thérapeutique.
Toute décision de refus, d’interruption ou de non-renouvellement devra être motivée.
Lorsque l’administration invoque les nécessités de fonctionnement ou de continuité du service, elle devra recevoir l’agent en entretien avant de prendre sa décision. L’agent pourra être accompagné par la personne de son choix.
Lorsque le refus repose sur un motif médical, l’administration devra auparavant solliciter l’avis d’un médecin agréé.
Ces nouvelles règles doivent permettre à l’agent de comprendre les raisons de la décision et, le cas échéant, de mieux faire valoir ses droits.
Se former pendant un congé pour raisons de santé
Le décret ouvre également une possibilité intéressante : un agent en congé de maladie, en congé de longue maladie, en congé de longue durée ou en CITIS pourra demander à suivre une formation, réaliser un bilan de compétences ou préparer une reconversion professionnelle.
Cette démarche devra être compatible avec son état de santé et recevoir l’avis favorable d’un médecin agréé.
L’administration disposera de 30 jours pour répondre.
Pour un agent dont le retour sur son ancien poste devient difficile, cette possibilité peut permettre de préparer plus sereinement la suite de son parcours professionnel.
Des examens médicaux possibles à distance
Depuis le 1er août 2026, certains examens réalisés par les médecins agréés peuvent avoir lieu à distance.
Cette évolution peut faciliter les démarches lorsque l’agent rencontre des difficultés pour se déplacer ou lorsque les médecins agréés sont peu nombreux sur le territoire.
Le médecin pourra toutefois demander un rendez-vous en présentiel lorsqu’il estimera qu’un examen physique est nécessaire.
Une reprise mieux préparée à partir de 2028
À compter du 1er janvier 2028, lorsqu’un arrêt dépasse 30 jours, le médecin agréé pourra solliciter le médecin du travail afin de préparer le retour de l’agent.
Cette intervention pourra notamment permettre d’anticiper :
- un aménagement du poste ;
- une reprise adaptée ;
- une formation ;
- une réadaptation ;
- une reconversion professionnelle.
Il ne s’agira pas d’une visite automatique pour tous les agents après 30 jours d’arrêt, mais d’une possibilité destinée à éviter les reprises mal préparées et les retours sur un poste devenu incompatible avec l’état de santé.
Le SNT Vosges vous informe toute l’année
Ces évolutions montrent une nouvelle fois combien les règles applicables aux agents peuvent changer rapidement. Une date, un délai ou une nouvelle procédure peuvent avoir des conséquences directes sur la rémunération, la reprise du travail ou l’exercice d’un droit.
Le SNT Vosges fait le choix de vous informer au quotidien, en temps réel et dans un langage compréhensible. Nos informations sont diffusées à l’ensemble des agents de la collectivité, sans aucune obligation d’adhérer au syndicat.
À notre connaissance, le SNT Vosges est aujourd’hui la seule organisation syndicale de la collectivité à assurer cette information régulière, accessible à tous et sans contrepartie.
À l’approche des élections professionnelles de décembre 2026, chacun pourra juger les organisations syndicales non seulement sur leurs promesses, mais aussi sur leur travail concret tout au long de l’année.
Informer les agents, défendre leurs droits, alerter lorsque les textes évoluent et rendre les règles compréhensibles : c’est ainsi que le SNT Vosges conçoit son action syndicale.
Source : décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires, publié au Journal officiel du 31 juillet 2026.
FAQ
À partir de quand ce nouveau régime s’applique-t-il ?
Le nouveau cadre des autorisations spéciales d’absence et des aménagements horaires liés à la parentalité et à certains évènements familiaux entre en vigueur le 1er janvier 2027. Il résulte du décret n° 2026-604 du 6 juillet 2026, publié au Journal officiel du 9 juillet 2026.
Qui est concerné ?
Sont concernés les fonctionnaires et agents contractuels des trois versants de la fonction publique, dont les agents territoriaux, ainsi que les agents des autorités administratives indépendantes et publiques indépendantes relevant du code général de la fonction publique, les magistrats de l’ordre judiciaire, certains personnels médicaux hospitaliers et les ouvriers de l’État.
Une ASA est-elle automatiquement accordée ?
Pas toujours. Le décret distingue les ASA accordées de droit et celles accordées sous réserve des nécessités de service. Les ASA de droit concernent notamment certains évènements familiaux ou situations liées à la parentalité. Les ASA soumises aux nécessités de service peuvent être refusées, mais le refus doit être motivé.
Comment demander une ASA ?
L’agent doit faire une demande écrite auprès de son autorité de gestion et fournir les justificatifs nécessaires. Il est conseillé de conserver une copie de la demande et des pièces transmises.
Un refus peut-il être opposé par la collectivité ?
Oui, uniquement pour les autorisations ou aménagements soumis aux nécessités de service. Dans ce cas, le refus doit être motivé. Une simple formule générale ou automatique ne devrait pas suffire : la décision doit reposer sur la situation réelle du service et de l’agent.
Les ASA réduisent-elles les congés annuels ?
Non. Les autorisations spéciales d’absence liées à la parentalité et à certains évènements familiaux sont sans effet sur la constitution des droits à congés annuels et ne diminuent pas le nombre de jours de congés annuels, sauf régime particulier prévu pour certaines situations visées par le code général de la fonction publique.
Les ASA comptent-elles pour la carrière et la retraite ?
Oui. Les périodes couvertes par les ASA prévues par le décret sont assimilées à du temps d’activité pour les droits à congé annuel, l’avancement et les droits à pension. En revanche, elles ne donnent pas droit à un repos compensateur lié au dépassement de la durée annuelle du travail.
Peut-on prendre une ASA en demi-journée ?
Oui, sauf exception prévue par le texte. Les ASA peuvent être prises par journée ou demi-journée. Elles doivent être utilisées à l’occasion de l’évènement qui les justifie.
Existe-t-il un délai pour prendre l’ASA ?
Oui pour certaines situations. Les ASA liées notamment au décès du conjoint, d’un proche, au mariage ou au PACS doivent débuter dans le délai d’un mois à compter de l’évènement.
Que prévoit le décret pour un enfant malade ?
Un agent peut bénéficier, sous réserve des nécessités de service, de six jours d’ASA par an pour soigner ou garder un enfant de moins de seize ans. Ce plafond est doublé lorsque l’agent assume seul la charge de l’enfant. Aucune limite d’âge n’est fixée lorsque l’enfant est en situation de handicap.
Que prévoit le texte en cas de décès d’un enfant ?
Le décès d’un enfant relève d’un régime spécifique prévu par le code général de la fonction publique. L’article L. 622-2 prévoit une ASA de douze jours ouvrables, portée à quatorze jours ouvrables dans certaines situations, notamment lorsque l’enfant est âgé de moins de vingt-cinq ans. Une autorisation complémentaire de huit jours peut également être accordée et fractionnée dans un délai d’un an.
Quelle différence entre une ASA et un aménagement horaire ?
Une ASA permet à l’agent de s’absenter pour un motif prévu par le texte. Un aménagement horaire adapte temporairement l’organisation du temps de travail. En principe, les aménagements horaires peuvent entraîner un report d’heures, sauf cas particulier prévu par le décret, notamment pour l’allaitement.
L’allaitement donne-t-il droit à une absence spécifique ?
Pendant la première année suivant la naissance, une interruption maximale d’une heure par jour peut être accordée pour l’allaitement. Cette période est assimilée à du temps d’activité, mais elle ne donne pas lieu à report d’heures.
Les agents peuvent-ils demander un aménagement pour la rentrée scolaire ?
Oui. Des aménagements horaires peuvent être accordés aux agents ayant un ou plusieurs enfants inscrits en école maternelle ou élémentaire à l’occasion de la rentrée scolaire. Ces aménagements restent soumis aux nécessités de service.
Que doit faire un agent en cas de difficulté ?
L’agent doit d’abord demander la motivation écrite du refus lorsque l’absence ou l’aménagement relève des nécessités de service. Il peut ensuite se rapprocher de ses représentants SNT CFE-CGC afin d’analyser la situation, vérifier les règles applicables dans la collectivité et, si nécessaire, demander un réexamen de la décision.